É certeza que eu consigo entrar posteriormente como aluno regular nos cursos de mestrado ou de doutorado do PPGOS depois de ter cursado disciplinas isoladas como aluno especial?

Não. A aprovação em disciplinas cursadas como aluno especial não garante o futuro ingresso como aluno regular. O processo seletivo para aluno regular é regido por regras bem definidas. Para maiores esclarecimentos acessar https://odontosaude.ufba.br/pt-br/editais-publicados